Program Studi S2 dan S3 PTK menerapkan manajemen standar ISO: 9001: 2008 agar pengelolaan Prodi S3 PTK dan tahapan pencapaian visi dan misi dapat terarah dan maju berkelanjutan. 

Kebijakan penjaminan mutu prodi mengacu pada kebijakan penjaminan mutu universitas dan pascasarjana, yaitu memberikan kepuasan kepada stakeholders berdasarkan standar tertentu, antara lain standar pelayanan minimal (SPM) dan standar mutu akademik. Sistem penjaminan mutu memperhatikan berbagai faktor, baik internal maupun eksternal. Secara internal, sistem penjaminan mutu dilakukan melalui monitoring dan evaluasi oleh kaprodi, Kantor Penjaminan Mutu (KPM), dan Tim Penjaminan Mutu PPs. Secara eksternal, sistem penjaminan mutu dilakukan melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), Evaluasi Program Studi Berdasarkan Evaluasi Diri (EPSBED) dan Implementasi Standar Mutu ISO 9001: 2008.

Sistem penjamin mutu di PPs dilakukan tim yang dibentuk oleh pimpinan pascasarjana. Tim tersebut melaksanakan tugas berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pascasarjana. Tim penjamiman mutu pascasarjana bertugas merencanakan, mengelola, dan mengevaluasi proses pembelajaran tiap program studi melalui sistem monitoring awal, tengah, dan akhir semester, selain itu tim ini juga bertanggungjawab untuk menyusun SOP, menentukan standar, melakukan monitoring keterlaksanaan SOP dan ketercapaian standar, serta menyusun laporan.

Penjaminan mutu prodi meliputi 13 aspek yang disebut butir-butir mutu. Butir-butir tersebut antara lain:

1. Kurikulum Prodi S3 PTK yang dikaji secara periodik.
2. Sumber daya manusia (dosen dan tenaga penunjang) difasilitasi  mengikuti seminar, workshop, program academic recharging, dan kunjungan ke lembaga lain di dalam maupun luar negeri.
3. Seleksi mahasiswa dilakukan secara ketat melalui tes seleksi masuk.
4. Proses pembelajaran dievaluasi setiap awal dan akhir semester oleh mahasiswa.
5. Prasarana dan sarana dioptimalkan melalui pemeliharaan dan pengadaan baru.
6. Suasana akademik dibangun melalui berbagai kegiatan antara lain: pertemuan rutindan kegiatan-kegiatan akademik lainnya.
7. Keuangan secara periodik diperiksa oleh akuntan publik.
8. Penelitian dan publikasi dilakukan dnegan dana internal maupun eksternal dan hasilnya dimuat dalam jurnal terakreditasi.
9. Pengabdian masyarakat dilakukan dengan dana internal dan eksternal.
10. Tata pamong dioptimlakan melalui pertemuan rutin pengelola.
11. Manajemen lembaga diformalkan melalui SK Rektor.
12. Sistem informasi dikembangkan secara universiter dan diperbaharui secara periodik.
13. Kerjasama dalam dan luar negeri dibangun secara berkelanjutan.